تعتبر إدارة الموارد البشرية والمالية من المحاور الأساسية التي تعتمد عليها الشؤون الإسلامية، حيث أنها تهتم بشكل رئيسي بتطوير الكادر البشري عن طريق تقديم التوجيه والنصح والدعم للموظف، وعمل التدريب اللازم والدورات المستمرة لتوفير عناصر بشرية مؤهلة ، في الوقت الذي تنظم فيه المصروفات والإيرادات والتقارير المالية للوزارة، وتطور أنظمة التخطيط والرقابة المالية، لتقوم بدورها الفعال في تحقيق الأهداف التي وضعتها الوزارة.
كما أن إدارة الموارد البشرية والمالية تتبع أنظمة الخدمة المدنية الصادرة من ديوان الخدمة المدنية ، والسياسات المالية الموحدة للدولة الصادرة عن وزارة المالية، وتتوزع مهامها على الأقسام التالية:
- قسم الموارد البشرية والخدمات الإدارية.
- قسم الموارد المالية.
- قسم تقنية المعلومات.