يتفرع من قسم البحوث والمعاهد والمراكز الدعوية مجموعتين:
الأولى: مجموعة البحوث والإرشاد:
تقوم هذه المجموعة بدورين بارزين:
1) إحياء التراث الإسلامي وإثراء الساحة الفكرية بالبحوث المتخصصة عن طريق تأليف البحوث والكتب المتخصصة ومراجعة المطبوعات الإسلامية.
2) نشر الوعي والثقافة الإسلامية من خلال:
 برامج الوعظ والإرشاد والتوجيه.
البرامج الإذاعية والتفزيونية الهادفة.
المشاركة في المناسبات العالمية.
إقامة المسابقات الثقافية.
إقامة الدورات المتخصصة.
إصدارة التقويم البحريني.
الثانية: مجموعة المعاهد والمراكز الدعوية:
تختص هذه المجموعة بإدارة وتنظيم شئون المعاهد الشرعية والمراكز الدعوية التابعة لوزارة العدل والشئون الإسلامية والأوقاف حسب القرار المنظم لذلك.